Šestnajstega junija 1989 je skupaj z 48 somišljeniki na Jarunu v prostorih NK ustanovil HDZ. Septembra 1990 je po odhodu v Beograd prevzel vodenje hrvaške vlade, konec leta 1991 pa je postal predsednik Urada za nacionalno varnost (UNS), krovne hrvaške obveščevalne službe, ki jo je od njega po dveh letih prevzel Tuđman. Manolić je nato zaradi nestrinjanja s politiko HDZ v BiH ustanovil svojo stranko HND ‐ Hrvatski nezavisni demokrati in jo vodil do januarja 2004. Sedaj je častni predsednik stranke, vodi pa jo.