Celo minister za informacijsko družbo naj bi imel pripombe na počasno delo agencije, saj je bilo to včasih res precej ponesrečeno. Poleg alternativnih operaterjev fiksne telefonije so imeli veliko pripomb k delu agencije tudi mobilni operaterji, še posebej manjša Simobil in. Najmlajša in najmanjša se je pri sporu v zvezi z domnevnimi Mobitelovimi kršitvami ‐ preveč naj bi bil zaračunaval za zaključevanje klicev iz drugih omrežij v svoje ‐ zaradi domnevne ignorance agencije APEK zatekla po pomoč na ministrstvo in to je dalo prav.