Izvoz je najbolj naraščal v letu 1999, v letu 2003 pa se je znižal za osem odstotkov, kar v Fructalu pojasnjujejo z dejstvom, »da je bil večji del izvoza realiziran na politično in gospodarsko nestabilnih trgih nekdanje Jugoslavije«. Sicer Fructal največ izvozi v Bosno in Hercegovino (64,8 odstotka vsega izvoza), sledita pa Hrvaška (11,1 odstotka izvoza) ter Srbija in Črna gora (9,9 odstotkov izvoza; približno milijarda tolarjev bruto). Sicer je pet prvih izvoznih kupcev (skoraj 50 odstotkov vsega izvoza): Minepres (BiH), Fructal Zagreb (Hrvaška), Eurobest (BiH), Primorka (BiH) in BTF Universal Limited (Rusija).