Ustanovljena je bil 1231 s strani papeža IX., dejansko pa je že prej obstajala škofovska inkvizicija, ker so škofje imeli pravico, da lovijo heretike v svojih škofijah. Papež je opazil, da so nekateri škofje manj goreči in da so se zaradi tega zelo razširili albižani na jugu. Takoj po albižanskih vojnah je papež napravil hierarhično inkvizicijo, strogo določil postopke, osebe, sodišča in to je nastanek tiste prave inkvizicije.