V javnosti najbolj odmeva spor z direktorjem Veterinarske uprave RS. Kmetje Kovačevo glavo prvič zahtevajo že v začetku leta 2002, nato spet leto pozneje zaradi afere kloramfenikol. ga ščiti, dokler ga ne razjezi z izjavo, da utegne pomanjkanje denarja za VURS okrniti skrb za zdravje porabnikov in da VURS ne prevzema odgovornosti za morebitne posledice premajhnega proračuna.