Lokalne skupnosti niso bile dovolj dobro seznanjene z vsebino in pomenom Nature 2000, različne okoljevarstvene organizacije pa ne vedo, po katerih merilih je bila strokovna podlaga za Naturo 2000 zožena. Ali je na končni zemljevid vplivala strokovna presoja, ali so bili krivi pritiski županov, ali pa je bil zadaj gospodarski interes. Sicer drži, da je Natura 2000 zavarovala razmeroma velik del Slovenije, a ministrstvo je v nekaterih mejnih primerih očitno spregledalo nekatere strokovne argumente.