Slovenija je v območje Nature 2000 vključila kar 35,5 odstotka svojega ozemlja. Uredba tako vsebuje 26 posebnih varstvenih območij, ki zavzemajo 22,8 odstotka ozemlja Slovenije, ta območja so zavarovana po evropski direktivi o varstvu ptic, 260 pa je potencialnih ohranitvenih območij, začrtanih po direktivi o habitatih, ki zavzemajo 31,5 odstotka površine in jih mora potrditi še evropska komisija. Velik del »dveh naturnih« območij se seveda prekriva.