Sisiću so na okrožnem sodišču v Varaždinu sodili v odsotnosti, nato pa je bil na vojaškem sodišču v Beogradu oproščen, ker naj bi bila za sestrelitev odgovorna kontrola letenja v Bihaču. Sisić je bil 9. maja 2001 prijet na Madžarskem in izročen italijanskim organom.
Za sojenje v Italiji je država Srbija in Črna gora plačala italijanskim branilcem 250 tisoč evrov.
Na samem sojenju je bilo nekaj nesoglasij pri izreku kazni, saj naj bi bila porota iz šestih državljanov prepričana o Sisićevi nedolžnosti, dva profesionalna sodnika, ki sta preglasovala poroto, pa sta se odločila za 15 let zaporne kazni.