Ta se je spopadal s precej manj virusi kot Okna. Microsoft trdi, da le zato, ker je Linux (uporablja se predvsem na strežnikih in manj na osebnih računalnikih) manjša tarča in jo zato tudi redkeje napadajo. Tabor zagovornikov Linuxa pa pravi, da je že sam operacijski sistem varnejši, in sicer zaradi načina, kako je nastal ‐ je namreč skupni projekt več tisoč prostovoljcev z vseh koncev sveta, ki jih podobno kot hekerje žene želja po priznanju med vrstniki, ne pa denar. Microsoft svoje kode noče izdati, Linuxova pa je odprta in jo lahko vidi, uporabi in dopolni vsak, ki to želi.