Obenem se zdi, da se mir v južnem Sudanu vedno bolj krha. V spopadu v mestu Malakal konec novembra 2006 med SPLA in kartumsko vladno vojsko, ki je podprla lokalno, je umrlo 300 ljudi. 15. decembra 2006 je streljanje izbruhnilo v mestu Juba, kjer potekajo tudi mirovna pogajanja med LRA in ugandsko vlado. Sprožilo naj bi jih dejstvo, da vlada v Kartumu zadnja dva meseca vojakom ni izplačala plač.