V devetdesetih letih se je Machar ob vladni vojski boril tudi ob boku LRA proti svojim nekdanjim soborcem iz SPLA. Mirovni proces sicer še vedno traja, pri čemer se v zadnjem času ponovno vrstijo napadi med LRA in ugandsko vojsko ter obtoževanja obeh strani, da druga stran krši dogovor o prenehanju sovražnosti, ki so ga uporniki in ugandska vlada podpisali 26. avgusta 2006.