Izvlečki so nato potovali v sterilen prostor z najsodobnejšo tehnično opremo -- tu so bili masni spektrometri, elegantne naprave v velikosti zamrzovalnika, v katerih skozi dolgo cevko po vakuumu potujejo sestavine vzorca. Molekule se zaradi delovanja magnetnega polja spotoma odklonijo; ta odklon je največji pri lažjih molekulah. Natančno izmerjena stopnja odklona razkriva velikost in vrsto molekule.