Vendar pozor, po pretvorbi lahko nastanejo težave s programsko opremo, ki potrebuje za svoje delovanje specifično strojno opremo. Nastavitve operacijskega sistema (ime računalnika, uporabniški računi, uporabniški profili itd.), nameščeni programi, datoteke in serijske številke diskovnih razdelkov pa seveda ostanejo nespremenjeni. Naj na tem mestu omenimo še čarovnik, ki omogoča pretvorbo navideznih računalnikov na novejšo ali starejšo različico VMware Workstation.