Seveda pa pazljivost pri nastavitvah ni odveč, saj lahko onemogočimo delovanje spletnih aplikacij ali strani.
Največjo težavo za varno uporabo PHP predstavljajo t. i. gostitelji (angl. shared-). Zaradi zagotavljanja združljivosti in zadovoljevanja različnih zahtev uporabnikov skrbniki gostiteljskih strežnikov pogosto uporabljajo »nevarne« nastavitve PHP.