Pogosto so težave pri modularno zasnovanih aplikacijah. Možno je namreč pognati modul spletne aplikacije, čeprav je bilo predvideno, da ga lahko kliče samo osrednji del programa ‐ primer zgoraj omenjenih vtičnikov phpBB. Pomembno je, da module varujemo pred neposrednimi klici, saj lahko preprečimo marsikateri napad.