Pri prvem nastavimo lokalno bazo uporabnikov, jih uvrstimo v skupine in nastavimo, do katerih podatkov smejo imeti dostop in katere nastavitve lahko spreminjajo. Če imamo omrežje z domenskim strežnikom, za seznam uporabnikov in skupin skrbi kar ta, v FreeNASu le nastavimo, kakšne so pravice uporabnikov. Obenem omejimo tudi dostop do ukazne lupine (prek protokola SSH) in nastavimo pravice uporabnikov pri prenašanju datotek prek protokola FTP.