Razlika je v tem, da je pri Pocket PC zagonski menu levo zgoraj, s samim operacijskim sistemom pa dobimo tudi Word, Excel in PowerPoint Mobile, Windows Media Player in še nekatere klasične programe iz Windows, kot je denimo Pasjansa. Mobilni Office je od različice Windows Mobile 5.0 tudi dejansko uporaben, saj omogoča neposredno odpiranje datotek iz zbirke Office, medtem ko je bilo treba pri starejših različicah te dokumente pretvoriti med sinhronizacijo z osebnim računalnikom. To je pomenilo, da priponk v elektronski pošti ni bilo mogoče niti odpreti; to je bila ena največjih hib Pocket PCja.