Ko so začeli ponujati tudi posebno različico za pametne telefone, so ga sprva predstavili kot samostojen operacijski sistem Microsoft Smartphone, pozneje pa so se odločili oba združiti pod imenom Microsoft Windows Mobile. Slednji je zdaj na voljo v treh različicah: Pocket PC, Smartphone in Portable Media Center. V sklopu tega članka bomo slednjega izpustili.