Windows CE 6 (WinCE) predstavlja precejšnjo nadgradnjo, ki temelji na povsem novem načrtu jedra. To mogoča krmiljenje znatno večjega števila procesov (32.000 namesto prejšnjih 32) in omogoča več naslovljivega navideznega pomnilnika za vsak proces (2GB, prej 64MB), pri tem pa ohranja kompaktnost, saj bo njegova velikost tudi v dokončni obliki primerljiva z jedrom Windows CE 5 (okrog 300 KB).
Ker je operacijski sistem temelj programske podlage Windows Mobile, je pričakovati, da bo postal njen sestavni del kmalu po dokončni izdaji.