O spletni enciklopediji, ki bi jo pisali prostovoljci in bi bila brezplačna, je razmišljal tudi »oče« prostega programja Stallman in jo leta 1999 opisal v članku The Universal Encyclopedia and Learning Resource. Leta 2001 je na podlagi teh teoretičnih zasnov v okviru Sklada za prosto programje ( Software Foundation) tudi uradno nastal projekt GNUpedia.
Sprva je bilo kar nekaj zmešnjave, kajti projekt GNUpedia je časovno sovpadal z nastankom podobno poimenovane Nupedie, za povrh pa je domeno gnupedia.org registriral avtor Nupedie, Jimmy Wales.