Ime naj bi bilo sestavljenka iz Mosaic in, torej ubijalec Mosaica, brskalnika, ki naj bi ga Netscapov Navigator izpodrinil. Ime tudi spominja na filmsko pošast Godzillo in njej podoben dinozaver je postal Netscapova maskota. Od leta 1998, ko so Netscapov brskalnik objavili kot prosti program, je Mozilla v nekaj izvedbah postala ime projekta, brskalnika in organizacije, ki skrbi za njegov razvoj.