Seveda ima Joomla tudi nekaj slabosti. Z novo različico bo izgubila velik del združljivosti z dodatki za Mambo in čeprav se je veliko število razvijalcev dodatkov odločilo slediti Joomli, lahko za nas zelo pomemben dodatek zamuja ali morda sploh ne bo na voljo. Vsebina je urejena v zelo togo trislojno strukturo odsekov, kategorij in elementov, kar je včasih prezapleteno, za zahtevnejše sisteme pa premalo razvejeno.