Tudi virusi lahko okvarijo sistem tako zelo, da ga ne moremo več zagnati. Vseeno je taka okvara lažja kot fizično pokvarjen disk, saj lahko sistem naložimo na drug disk ali razdelek, s starega preslikamo podatke, kot so pošta, moji dokumenti ipd.
Pred to nevarnostjo se zavarujemo z varnostno kopijo sistema.