Razlika med strojno in programsko virtualizacijo je v sami zamisli zelo majhna, v praksi pa precejšnja. Programska orodja za virtualizacijo namreč občutno upočasnijo sistem, tako da operacijski sistemi na virtualnih računalnikih tečejo precej počasneje, kot če bi jih namestili neposredno, brez vmesnega sistema in orodja za virtualizacijo. Pri virtualizaciji, ki jo podpira že strojna oprema, upočasnitev ni.