HijackThis ima zelo neposreden pristop, saj je uporabniški vmesnik le osnoven. Poudarek je namreč na ročnem delu uporabnika ‐ orodje iz registra povleče vse sumljive vnose, pri tem pa je prag sumljivosti zelo nizek. To pomeni, da nikakor ne smemo izolirati ali celo izbrisati vseh tistih zapisov v registru, ki jih orodje najde (v tem primeru boste skoraj zagotovo povzročili sesutje katerega od uporabnih programov, napačno delovanje nekaterih naprav oziroma gonilnikov ali kaj podobnega), temveč si je treba ogledati vsakega posebej.