Zaradi tega je razveseljivo, da je izvirna koda Quake 3 bistveno bolj urejena in temeljiteje načrtovana kot njene predhodnice. V veliki večini je Quake 3 razvit v jeziku C, še vedno pa je med kodo mogoče najti več zaslonov dolge kose nedokumentirane kode v zbirniku, ki skriva številne podrobnosti.