Podpira Enterprise JavaBeans, spletne storitve, XML, mobilno programsko opremo, povezljivost z zbirkami podatkov itd. Na voljo so tudi vgrajene rešitve za prenos kode iz J2EE 1.4 v JDK 5.0. JBuilder 2006 prinaša še izboljšave na področju sodelovanja med razvijalci po načelu enak-z-enakim in vgrajeno podporo vzdrževanju življenjskega cikla programske opreme na področju sistemskih zahtev, upravljanja izvirne kode in preizkušanja.