Javina pot pa ni bila vselej gladka. Sun je že devetdesetih letih prišel v spor z Microsoftom, saj je ta kršil licenčne pravice z izvedbo lastnih dodatkov, zaradi česar sta se partnerja burno razšla. Lani je prišlo do poravnave in delne otoplitve odnosov, Microsoft pa je kot odgovor razvil svojo lastno alternativo, ki ji pravijo .NET. Sun je v zadnjih letih tudi predmet pogostih kritik s strani odprtokodne skupnosti, saj doslej niso privolili, da bi java postala odprtokodni izdelek.