Opremiti ga je mogoče s certifikatom, da se lahko vključi v varnostno okolje, ki temelji na javnih ključih. Ima tudi možnost, s katero sam določi, katere teste bo pognal, če testira oddaljene strežnike, glede na programe, ki tečejo na njih (tako ne bo preverjal pomanjkljivosti programa Sendmail, če v sistemu najde poštni strežnik Postfix). Pri iskanju ranljivosti z Nessusom imamo možnost, da izključimo preizkuse, ki bi povzročili sesutje preizkušenega programa.