Nessusa ne zmoti razporeditev vrat, ki niso v skladu s priporočili (torej najde tudi spletni strežnik, ki ni na vratih 80 ali 8080). Če imamo npr. dva ali več spletnih strežnikov, ene na vratih 80 in druge na vratih 8080, Nessus preveri oba oziroma vse. Če odkrije varnostne pomanjkljivosti, ne le opozori nanje, temveč tudi svetuje, kako jih odpraviti.