Nessus je izdelan z arhitekturo odjemalec-strežnik. Strežnik izvaja napade, odjemalec pa rabi kot vhodna, izhodna in nadzorna konzola (front-end). Odjemalec in strežnik sta lahko na različnih sistemih, npr. odjemalec je lahko na osebnem računalniku z 32-bitnim operacijskim sistemom Windows, strežnik pa na računalniku mainframe v sistemskem prostoru.