Čeprav je številnim optičnim bralnikom priložena silno preprosta programska oprema, bo za resnejše delo treba pognati program za obdelovanje slik in iz njega vmesnik za krmiljenje naprave (TWAIN). Številni vmesniki omogočajo delo v več načinih, od zelo preprostih, v katerih nastavimo le vrsto dokumenta (slika, besedilo, prosojnica), do zahtevnejšega načina, v katerem lahko nastavljamo ločljivost, globino zajemanja barv, prosojnost/neprosojnost dokumenta, priložene filtre za ostrenje in mehčanje slike, kontrast, barvne kanale in podobno.