Prej je bila v namestitev vključena že konfiguracija okenskega strežnika (to je bil XFree86). Pri FreeBSD 5.3 pa moramo okenski strežnik namestiti po končani namestitvi sistema. Sistem uradno podpira okenski strežnik Xorg (www.x.org), ki je brezplačen in je po načinu licenciranja precej podoben sistemom BSD.