Nov izdelek, ki nastaja pod delovnim imenom Pathfinder, bo nosil ime BizTalk Server 2006, vendar pri Microsoftu pričakujejo, da bo zaključen pred koncem leta. Med novostmi bodo podpora za 64-bitno različico okolja Windows Server, novi SQL Server 2005, razvojno okolje Visual Studio 2005 in paket Virtual Server 2005. Microsoft pripravlja tudi enostavnejša orodja za namestitev in migracijo, BizTalk Server pa bo dobil tudi novo upraviteljsko konzolo. Program naj bi tesneje povezali s paketom SharePoint Services, ki bo kot kaže sestavni del okolja z delovnim imenom Windows Server R2.