Tako, recimo, učinkov na trakove ne moremo dodajati, medtem ko snemamo, učinkov, ki uporabljajo avtomatizacijo, pa ne moremo izbrisati med predvajanjem in podobno. Omenjene omejitve sicer nikakor niso prevelika omejitev in se jih je mogoče hitro navaditi, a vendarle so za tiste, ki radi veliko »eksperimentirajo«, določena omejitev.
Če smo že omenili nekaj posebnosti programa, pa omenimo še to, da program Pro Tools neposredno ne podpira standardov, kakršna sta DirectX ali VST, pač pa pri Digidesignu uporabljajo lasten standard za programske učinke RTAS (pri močnejših različicah programov tudi TDM).