Pred tem ni treba spreminjati nastavitev v upravitelju ScanSnap Manager, saj so obstoječe lastnosti branja najprimernejše. Program je sicer dokaj nepraktičen, saj moramo npr. za shranjevanje v obliki slik JPEG sprva spremeniti način branja iz samodejnega zaznavanja barve v barvni način. V programu je na voljo šest zavihkov, v katerih nastavljamo, kam se bo prebrani dokument prenesel, kam se bo shranil, kakšni bosta kakovost in hitrost branja, kateri format papirja uporabljamo itd.