Razlike pa so tudi v načinu prenosa podatkov: pri PCI Express lahko prenos poteka hkrati v obe smeri, medtem ko smo pri PCI in AGP naenkrat podatke prenašali le v eno smer. S tem se prepustnost vodila podvoji. PCI Express podpira tudi združevanje kanalov: več vodil lahko združimo v eno in tako povečamo hitrost prenosa podatkov.