Možna je tudi uporaba ugnezdenih poizvedb, vendar le v where delu poizvedbe. Če podatkovni strežnik podpira ugnezdene poizvedbe, zna Hibernate to izkoristiti, drugače pa generira več klasičnih poizvedb. Pogrešamo uporabo ugnezdenih poizvedb v from delu poizvedbe, saj so te performančno ugodnejše.