Konfiguracija demona NTP se ureja s pomočjo datoteke /etc/ntp.conf. Ključna beseda datoteke ntp.conf je server (strežnik), sledi ji računalnik oziroma referenčni časovni vir, ki je podan z naslovom IP ali gostiteljskim imenom ( name). V tem računalniku prav tako deluje demon NTP.