S številnimi prednostmi, ki jih ponuja biometrija, so povezane tudi določene težave. Prvi problem se nanaša na preprosto dejstvo, da vzorca zaradi fizičnega razloga z določenega človeka enostavno ne moremo odčitati (poškodovan prst, roka ipd.). Statistika pove, da je recimo vsaj 5 odstotkov ljudi, katerih prstni odtisi so zaradi poškodb ali drugih razlogov neberljivi.