Operacijski sistem Windows NT je zabil kar nekaj žebljev v Netwareovo krsto. Kljub temu da je bil sistem Netware 5.0 po mnenju večine zmogljivejši in hitrejši, pa je Microsoft s (takrat še zelo hroščatim) sistemom Windows 2000 dokončno prevzel primat na tržišču, ki ga je pravzaprav ustvaril. Podjetje je medtem odprodalo večino podjetij in izdelkov, ki jih je pridobilo v nakupovalni mrzlici sredi devetdesetih.