Ločnice med jedrom in grafičnim okoljem ni, oziroma je za uporabnika nevidna. V operacijski sistem so vdelani spletni brskalnik (Internet Explorer), predvajalnik večpredstavnih datotek (Windows Media Player), program za takojšnje sporočanje (Windows Messenger), program za elektronsko pošto (Outlook Express)... Zaradi vključitve čedalje večjega števila namenskih programov v operacijski sistem je Microsoft že nekaj let deležen kritik konkurentov, ki menijo, da z vključevanjem programov, ki s samim delovanjem sistema nimajo neposredne povezave, v operacijski sistem s trga izriva konkurenco.