Kot bomo videli v nadaljevanju, sam postopek šifriranja in digitalnega podpisovanja določata uporabo specifičnih algoritmov, torej okvir, v katerega so vpeti postopki šifriranja, katerih zamenjavo narekuje razvoj informacijskih sistemov in ugotovljene pomanjkljivosti. Če se s časom izkaže, da kateri izmed algoritmov ni več zanesljiv, ga je treba zamenjati z novim, močnejšim algoritmom. Med uveljavljene asimetrične algoritme danes štejemo DH (Diffie-Hellman), RSA in DSA.