V Site Publisherju lahko z zmogljivim sistemom filtriranja določimo datoteke ali kar cele mape, ki naj jih ne preverja in prenaša - tako v strežniku kot tudi na krajevnem disku. Pogrešali smo globalni filter, ki bi omogočil enkraten vpis datotek, ki jih ne želimo obnavljati v nobenem izmed naših projektov. Datotekam lahko tudi določimo stopnjo pomembnosti in Site Publisher jo upošteva pri zapisovanju datotek.