A Kerio ne skrbi zgolj za omrežno varnost, temveč zagotavlja tudi določeno zaščito pred virusi in trojanskimi konji. V posebni rubriki za sistemsko varnost (System Security) lahko programom, ki se izvršujejo, določimo, ali naj jih Kerio Personal Firewall nadzoruje in opozori, če se zagonska datoteka aplikacije nenadzorovano spremeni ali pa če kakšen program skuša samodejno odpreti druge programe - to se zgodi, če denimo poženemo virus. Zaščita je zmogljiva, le na začetku imamo nekaj dela, da odgovorimo na vsa okna z vprašanji, ki jih odpre Personal Firewall.