Poleg tega lahko njene matematične zmogljivosti izkoriščajo druga orodja. Poleg tehnologije .Net je Mathematica že prej poznala tudi druge načine povezovanja prek sistema MathLink, ki jo približa programom v jezikih C ali C++, fortran, perl, visual basic in java. Zelo zanimiva je tudi možnost komuniciranja neposredno prek protokola TCP/IP, torej prek intraneta in interneta.