Orodje v ta namen podpira zunanje pripomočke CVS, Rational ClearCase in hišnega favorita Oracle Source Configuration Manager (SCM, nekdanji Oracle Repository). Podpora CVS ni popolna, saj so omogočene vse osnovne funkcije, ne pa tudi vejitev projekta v novo različico. Prav tako je prikaz razlik precej neprepričljiv, saj JDeveloper prikaže surov izpis razlik.