Program je namreč tako zapleteno uporabljati, da je očitno namenjen zgolj razvijalcem in najbolj zagretim navdušencem, v spletu pa je tudi precej težko najti uporabna navodila. Osnovna različica deluje v Linuxu, kot primarni način nadziranja programa pa naj bi se uporabljala kar ukazna vrstica, tudi prek telneta. Različica za Windows, imenovana MLdonkey Watch, ima tudi grafični uporabniški vmesnik, a le-ta ne deluje najbolj zanesljivo, predvsem ko je uporabnik za požarnim zidom.