V večini navodil za uporabo omrežja eDonkey tako piše, naj uporabniki ne delijo svoje zbirke mp3, temveč naj glasbo raje razširjajo tako, da celotne plošče zapakirajo v en arhiv. Prav tako je prenos po omrežju eDonkey pogosto precej počasen, zato je omrežje primerno predvsem za uporabnike večine širokopasovnih povezav, ki lahko pustijo računalnik vključen in priključen tudi več dni.
Ena izmed osnovnih slabosti omrežja je težava pri povezovanju izza požarnih zidov, saj je treba spreminjati nastavitve požarnega zidu za možnost polnega povezovanja.