Pozneje se je zapletlo med podjetjema Fast-Track in City zaradi licenciranja tehnologije, potrebne za prijavo v Fast-Track. Fast-Track je nato izključil vse uporabnike iz svojega omrežja in večina jih je preklopila na KaZaA, medtem ko je City pripravil novo različico, ki se povezuje v Gnutello.
Že od začetka je program slovel po vgrajenem predvajalniku večpredstavnih vsebin, kar ga je naredilo primernega za osrednji program za predvajanje glasbe in videa. In prav to je še vedno Morpheusova poglavitna prednost v primerjavi s konkurenco, čeprav se bo številnim uporabnikom zagotovo zdel prenapihnjen z vsemi mogočimi funkcijami.